El deportivo Pasto se fundó en 1949, su historia se remonta a este año a partir del cual se registra su accionar deportivo de manera continua y se destaca lo que sucedió el 10 de Octubre en las oficinas de Bavaria la antigua empresa cervecera, cuando un grupo de jóvenes pastusos de los barrios El Ejido, Fátima Y Navarrete, asistieron a las oficinas de don Miguel Humberto López a quien en una charla informal le solicitaron que fuera el presidente del nuevo equipo de fútbol al cual sugirieron que le llamaran “Oro Rojo” entre otros Eduardo Delgado, Segundo Onofre y Carlos Mosquera.
A Milachel nombre cariñoso que le daban a don Miguel Humberto, no le gustó la propuesta y sugirió cambiarle el nombre al de “Club Deportivo Pasto”, lo cual fue aceptado y el día 12 de Octubre, en horas en que empezaba la noche, en el sitio de trabajo del señor Segundo Onofre se hizo la primera reunión en la cual se dio comienzo al naciente equipo.
Sus logros deportivos lo llevaron a una época de las décadas del 50 y 60 a pertenecer a la categoría semiprofesional; los integrantes fueron muchos de los jugadores de la selección Nariño, como también dos extranjeros quienes contribuyeron a que el Deportivo Pasto ganara un gran nivel competitivo.
En el desarrollo de su acontecer, después de una época en la que se destacó como uno de los principales clubes deportivos de la región, un grupo de dirigentes para 1995 le apostaron a forjar el sueño de todos los pastusos de tener en la ciudad un equipo profesional en la primera división. Para conseguirlo se trazó un derrotero y conformaron un equipo en la categoría Primera C con jugadores juveniles de la región quienes se coronaron campeón en la zona Suroccidental.
Tiempo después, con la gestión política de un hincha e integrante de una de las primeras barras Antonio Navarro Wolff y de algunos de los dirigentes nariñenses entre los que podemos destacar al Doctor Eudoro Dueñas Martínez, presidente en ese momento de la institución, se conseguiría que el conjunto Deportivo Pasto sea ascendido a la segunda división por invitación.
Carlos “Tribilín” Valencia dirigió este conjunto, que se reforzó con jugadores como Julio Romaña, Jorge Ambuila, “Checho” Angulo entre otros, y tuvo logros importantes en su primera aparición. Después, llegaría Felix Valverde Quiñónez y con él este equipo se consolidó y a través del esfuerzo de un conjunto integrado por un puñado de jugadores importantes entre los cuales figuraría Carlos Rendón y John Charria, se consiguió el sueño tan anhelado de lograr el campeonato de la primera B, en el año de 1998.